Luonnon monimuotoisuus ei tarkoita pelkästään erilaisten lajien runsautta vaan myös jokaisen eläin- ja kasvilajin sisällä olevaa monimuotoisuutta. Yksilöt ovat keskenään erilaisia, mikä johtuu osaksi ympäristöstä ja osaksi yksilön perimästä. Sellaista lajin sisällä olevaa monimuotoisuutta, joka johtuu erilaisista geeneistä, kutsutaan perinnölliseksi monimuotoisuudeksi.
Perinnöllinen monimuotoisuus on lajin kannalta tärkeää, koska ympäristössä, johon se on sopeutunut, tapahtuu muutoksia. Aiemmat huippuyksilöt eivät uudessa tilanteessa välttämättä olekaan enää kilpailukykyisimpiä, mutta kun populaatiossa, kuten puilla metsikössä, on paljon erilaisia geenejä ja yksilöitä, niiden joukosta löytyy uusia, paremmin sopeutuvia menestyjiä. Näin lajin tai metsikön tulevaisuus on turvattu. Pitkäikäisillä metsäpuilla tämä prosessi on hidas, kun taas ympäristön muutokset, tällä hetkellä tärkeimpänä ilmastonmuutos, saattavat tapahtua nopeasti.
Metsäpuiden perinnöllistä monimuotoisuutta suojellaan Suomessa omassa ohjelmassaan. Pääsääntöisesti yleisien puulajien (mänty, kuusi, koivut) perinnöllistä monimuotoisuutta suojellaan niiden alkuperäisillä kasvupaikoilla niin kutsutuissa geenireservimetsissä. Geenireservimetsät edustavat lajin kullekin kasvupaikalle syntynyttä luontaista perimää, ja niitä hoidetaan niin, että alueella on kaikkia puuston kehitysluokkia. Metsän uudistamisvaiheessa on tärkeää, että taimia syntyy runsaasti.
Geenireservimetsiä ei kuitenkaan koskaan uudisteta jalostetulla tai muualta tuodulla viljelyaineistolla. Harvinaisten puulajien, kuten jalojen lehtipuiden, geneettistä monimuotoisuutta puolestaan suojellaan varta vasten perustetuissa geenivarakokoelmissa, joihin on tuotu aineistoa useasta saman puulajin luontaisesta metsiköstä. Näin luodaan uusi metsikkö, joka on perimältään monimuotoisempi kuin kovin pienet luontaiset esiintymät, mutta on samalla sopeutunut suomalaiseen ilmastoon.
